基础医学院发端于1926年成立于上海的东南医科大学（安徽医科大学前身）的若干学科，后经半个世纪的发展壮大， 1976年学校整合人体解剖学、药理学、生物化学等学科（教研室），设立基础部，2000年6月正式更名为基础医学院。经过近百年的发展，学院已成为集教学、科研和社会服务于一体的基础医学人才培养基地。

学院下设13个教研室(系)、3个实验教学中心和2个公共科研平台。建设有2个国家级实验教学示范中心，1个国家科技资源共享平台，1个国家临床重点专科、4个省级重点学科，4个省级重点实验室和科技公共服务平台，以及省级国际科技合作基地、省级工程研究中心各1个。现有教职工315人，其中专任教师225名，具有博士学位的教师占比86%，正高职称53人（二级教授6人），副高职称120人。近年入选全国优秀教师1人，安徽省教书育人楷模1人，安徽省最美教师1人，省级教学名师8人，省级教坛新秀12人。2人入选国家级人才项目，54人入选省部级人才项目。获批省级领军人才团队和省115产业创新团队各1个，省高校科研创新团队2个。

学院现有本科招生专业3个（基础医学与放射医学、法医学），在校本科生417人。博士学位授权一级学科2个（基础医学、药学），博士学位授权二级学科10个；硕士学位授权一级学科2个（基础医学、特种医学），硕士学位授权二级学科16个（含1个硕士专业学位类别-药学），在校博士研究生89人，硕士研究生693人。建有基础医学、药学博士后科研流动站。

药理学与毒理学、分子生物学与遗传学、生物学与生物化学、免疫学、神经科学与行为学进入ESI全球排名前1%。基础医学获批安徽省高峰学科。近年来，学院面向医学生命科学前沿和人类健康重大需求，以“人兽共患病及突发传染病研究、脑科学与人脑类器官研究、肿瘤与免疫性疾病研究、慢性应激与代谢性疾病研究”等优势学科方向为支撑，聚焦重大疾病研究，围绕拔尖创新医学人才培养核心任务，致力于建成区域领先、国内一流、国际知名的学科。

学院始终把人才培养、教育教学、科学研究、社会服务、文化传承和创新、国际交流与合作贯穿到办院兴院、立德树人的全过程，努力为实现建设高水平医科大学的大担当、培育百千万良医的大责任和服务人民群众的大情怀的“安医大发展之梦”贡献自己的力量与才智！