安徽医科大学基础医学院发端于1926年成立于上海的东南医科大学（安徽医科大学前身）的若干学科，后经半个世纪的发展壮大，1976年学校整合人体解剖学、药理学、生物化学等若干学科（教研室），设立基础部，2000年6月正式更名为基础医学院。经过四十多年的发展，学院已成为集教学、科研和社会服务于一体的国家基础医学人才培养和科学研究基地。

        基础医学院现有教职工281人，其中专任教师208名，具有博士学位的教师占比80%，正高职称48人，副高职称100人。二级教授4人，全国优秀教师2人，省级劳动模范6人，省级教学名师8人，省级教坛新秀12人。学院拥有一支教学经验丰富、科研能力强劲的导师队伍。目前博士生导师37人，硕士生导师120人。其中，1人入选国家优青；2人入选“教育部新世纪优秀人才支持计划”；1人获教育部霍英东高等院校青年教师基金，1人获教育部霍英东高等院校青年教师奖；3人入选省百人计划，3人入选百人计划青年项目；3人获安徽省杰出青年基金；2人入选皖江学者特聘教授，2人入选青年皖江学者；2人入选安徽省“特支计划”，共计48人入选省部级高端人才项目，49人享受国务院或省政府特殊津贴。获批省级领军人才团队、省高校科研创新平台团队以及省115产业创新团队各1个。

        基础医学院以二级学科为基本单位，下设12个教研室和2个课程组，3个实验教学中心。另设有10个研究所，2个公共科研平台。拥有完善的科研实验环境，建设有1个国家级资源共享平台“国家健康和疾病人脑织资源库”，1个国家临床重点专科，1个教育部重点实验室，4个省级重点实验室和省级科技公共服务平台，1个省级国际科技合作基地，4个省级重点学科。

        近年来，学院的科研经费和论文数量都得到显著提升，并保持持续上升的态势。2016年以来，新增省级以上科研项目170余项（其中国家级重大/重点研究项目3项，国家自然科学基金85项），纵向科研经费达5000余万元。获安徽省科学技术奖一等奖2项，二等奖4项、三等奖4项。以第一作者或通讯作者单位发表SCI论文600余篇，影响因子10分以上的13篇；获发明专利10余项。其中王明丽教授团队的“重组兽用α干扰素”入选教育部“产学研优秀示范案例”。

        学院以立德树人为根本任务，致力于招收和培养对基础医学研究有志向、有兴趣、有天赋、符合“健康中国”国家战略需求、具有国际竞争力的拔尖创新人才。全院现有在读博士生55人、硕士生503人。并与军事医学研究院、中科院合肥物质科学研究院等多家高等院校和科研机构开展研究生联合培养。建院以来共培养了数千名医药卫生、生命科学领域优秀人才，许多毕业生已成为国内外生物医学学科的学术带头人或学术骨干。

        近年来，学院研究生初次就业率均在94%以上，将近70%签约单位为党政机关和事业单位，主要包括高校、医院、疾控中心等。毕业生受到用人单位普遍好评，在各自的岗位上为“健康中国”贡献自己的力量。

      人体解剖与组织胚胎学（100101）